MICROBIOLOGY AND NATURE
Acute respiratory infections (ARI) are one of the most common human diseases in the world with high morbidity and mortality. Viruses have a major role in the occurrence of this disease. The aim of this study was to inventory the viruses responsible for ARI in central Côte d’Ivoire. A prospective study was conducted from January 2018 to December 2019 in central Côte d’Ivoire among patients with ARI. Nasopharyngeal secretions were collected and analyzed using multiplex RT-qPCR. Of 647 patients recruited, 55% were male and 39% were infants 0-2 years of age. Of these patients, approximately 50% had cough, breathing difficulties, fever and sputum. 64% of the specimens collected and tested were positive for at least one respiratory virus of which 31 % were co-detections. The majority of viruses identified were Rhinoviruses 30 %, Influenza viruses (A, AH1N1, B, C)] 24 %, Respiratory Syncytial Viruses 16 %, Adenoviruses and Parainfluenza viruses (1-4) 7 % each. Some of the detected viruses were significantly associated with patient age. Except the viruses that were present throughout the year, Respiratory Syncytial Viruses appeared in the second half of the year with a peak in September. This study identified various viruses responsible for respiratory infections notably RV, RSVAB, inf (A, AH1N1, B), HMPVAB, AdV and HPIV3 whose epidemiological characteristics need to be determined for a better management of this pathology.
Keywords: Multiplex RT-qPCR, acute respiratory infections, viral, nasopharyngeal, central Cote d’Ivoire.
Les infections respiratoires aiguës (IRA) représentent l’une des pathologies les plus courantes chez les êtres humains dans le monde avec un taux de morbidité et de mortalité élevé. Les virus jouent un rôle majeur dans la survenue de cette maladie. Cette étude a pour objectif d’inventorier les virus responsables des IRA au Centre de la Côte d’Ivoire. Une étude prospective a été menée de janvier 2018 à décembre 2019 au Centre de la Côte d’Ivoire chez des patients souffrant d’une IRA. Des sécrétions naso-pharyngés ont été recueillies puis analysées grâce à la RT-qPCR multiplex. Sur un total de 647 patients recrutés, 55 % étaient de sexe masculin et 39 % étaient des nourrissons âgés de 0-2 ans. Parmi ces patients, environ 50 % avaient la toux, les difficultés respiratoires, la fièvre et les expectorations. 64 % des échantillons recueillis et analysés ont été positifs pour au moins un virus respiratoire recherché dont 31 % étaient des co-détections. Les virus majoritairement identifiés étaient : les Rhinovirus 30 %, les virus influenza (A, AH1N1, B, C) 24 %, les virus Respiratoires Syncitial 16 %, les Adénovirus et les Parainfluenza virus (1-4) 7 % chacun. Certains virus détectés ont été significativement associés à l’âge des patients. A l’exception, des virus qui ont circulé presque tout au long de l’année, les virus Respiratoires Syncitial sont apparu au second semestre avec un pic dans le mois de septembre. Cette étude a permis d’identifier un nombre varié de virus responsables des infections respiratoires notamment RV, RSVAB, inf (A, AH1N1, B), HMPVAB, AdV et HPIV3 dont les caractéristiques épidémiologiques doivent être déterminer pour une meilleure prise en charge de cette pathologie.
Mots-clés: Multiplex RT-qPCR, infections respiratoires aiguës, virus, nasopharyngés, centre Côte d’Ivoire.
https://doi.org/10.26167/607h-5r19
Received: 26th March 2021 Revised: 30th April 2021 Accepted:3rd May 2021 Published: 10th May 2021
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