First report of Rhizobium pusense within Voandzou (Vigna subterranea (L.) Verdc.) rhizosphere in Côte d’Ivoire

ZEZE, ADOLPHE; GNANGUI, Sara Laetitia; KOUADJO, Claude Ghislaine

First report of Rhizobium pusense within Voandzou (Vigna subterranea (L.) Verdc.) rhizosphere in Côte d’Ivoire
GNANGUI Sara Laetitia Elphège ¹ KOUADJO Claude Ghislaine Zaka ² ZEZE Adolphe ¹

¹Laboratoire de Biotechnologies Végétale et Microbienne, UMRI Sciences Agronomiques et Génie Rural, Institut National Polytechnique Felix Houphouët-Boigny, Yamoussoukro Côte d'Ivoire
²Centre National de Recherche Agronomique / Laboratoire Central de Biotechnologies Côte d’Ivoire

ABSTRACT

There is currently no information on the diversity of indigenous rhizobial populations associated with bambara groundnuts (Vigna subterranea L. Verdc.) in Côte d’Ivoire soils. The aim of this study was to assess the diversity of microsymbionts nodulating a Bambara groundnut landrace in north of Cote d'Ivoire. For this purpose, a local bambara groundnut accession was used to trap root nodules bacteria from three soils obtained from farmers’ fields in North Côte d'Ivoire. It was shown that all the isolates had very fast growth rates on YEMA and not absorbing Congo red. All isolates were gram negative rods and able to grow in a TY medium at pH ranging from 5.8 to 8.8 and at temperatures up to 45°C. The 16S RNA gene phylogeny showed three main clades including Rhizobium sp., an unclassified species and R. pusense. 16S RNA gene identification of the strain K39 as R. pusense was congruently confirmed by atpD gene phylogeny. Strain K39 did not nodulate bambara groundnut plants. This is the first report of the presence of R. pusense in Vigna subterranea (L.) Verdc.) rhizosphere in Côte d’Ivoire.

Keywords: Bambara groundnut, root nodule bacteria, Rhizobium pusense

RESUME

Il n’existe actuellement aucune information sur la diversité des populations rhizobiennes autochtones associées à l’arachide bambara (Vigna subterranea L. Verdc.) dans les sols de la Côte d’Ivoire. Le but de cette étude était d’évaluer la diversité des microsymbiontes nodulant une variété locale d’arachide Bambara au nord de la Côte d’Ivoire. À cette fin, une variété locale d’arachide bambara a été utilisée pour piéger les bactéries de trois sols provenant de champs d’agriculteurs situés au nord de la Côte d’Ivoire. Il a été démontré que tous les isolats avaient des vitesses de croissance très rapides sur le YEMA et n'absorbaient pas le rouge Congo. Tous les isolats étaient des bâtonnets Gram négatif. Tous les isolats ont pu croître dans un milieu TY à pH variant de 5.8 à 8.8 et à des températures allant jusqu'à 45°C. La phylogénie du gène de l'ARN 16S révélait trois clusters principaux, dont Rhizobium sp., une espèce non classée et R. pusense. La nature de la souche K39 en tant que R. pusense revélée par la phylogénie de l’ARN 16S a été confirmée par la phylogénie du gène atpD. Les tests de nodulation ont confirmé que la souche K39 ne nodule pas les plants d’arachide bambara. C’est la première fois que R. pusense est mise en évidence dans la rhizosphère de Vigna subterranea (L) Verdc en Côte d’Ivoire

Mots clés: Arachide bambara, bactéries nodulatrices, Rhizobium pusense

https://doi.org/10.26167/cztb-1p42

Received: 15th April 2019 Revised: June 15th 2019 Accepted: June 15th 2019 Published: June 27th 2019